根据财办会（2016）27号文件，企业在发生相关成本费用并允许扣减销售额时，应按减少的销项税额进行会计处理。具体而言，企业应借记“应交税费—应交增值税（销项税额抵减）”科目（对于小规模纳税人则借记“应交税费—应交增值税”科目），同时按应付或实际支付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目。此外，企业还需按应付或实际支付的金额，贷记“应付账款”、“应付票据”、“银行存款”等科目。
在销售货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或不动产时，企业应按应收或已收的金额进行会计处理。具体而言，企业应借记“应收账款”、“应收票据”、“银行存款”等科目，同时按取得的收入金额，贷记“主营业务收入”、“其他业务收入”、“固定资产清理”等科目。此外，企业还需按现行增值税制度规定计算的销项税额（或采用简易计税方法计算的应纳增值税额），贷记“应交税费—应交增值税（销项税额或简易计税)”科目（对于小规模纳税人则贷记“应交税费—应交增值税”科目）。