为了确保企业关税的准确记录和合理计算，需要在财务会计系统中设立专门的“应交税金”科目，并进一步细分为“应交进口关税”和“应交出口关税”两个子科目。
具体来说，“应交税金－应交进口关税”科目的贷方记录计算出的应缴进口关税金额，而借方则记录实际支付的进口关税金额。如果贷方余额大于借方余额，说明存在欠缴的进口关税；反之，如果借方余额大于贷方余额，则表明有多余的进口关税缴纳。
同样地，“应交税金－应交出口关税”科目的操作原理与进口关税相似：贷方记录应缴的出口关税，借方记录实际支付的出口关税。贷方余额表示未缴清的出口关税，借方余额则表示已多缴的出口关税。
当企业计算出需缴纳的进口或出口关税时，应当按照会计准则进行账务处理。例如，在计算得出应缴进口关税后，企业应将相关费用记入借方，同时贷记“应交税金－应交进出口关税”科目。实际缴纳关税时，则通过借记“应交税金－应交进口关税”科目，贷记“银行存款”等相应账户来完成交易。对于出口关税的处理也是类似的流程。