在处理存货毁损时，对于进项税额的会计处理需根据具体原因区分对待。
若存货损失是由于管理不善导致，则必须执行进项税额转出的操作。这意味着，当管理不善造成的原材料发生损毁时，应采取以下步骤：
首先，记录待处理财产损溢：
借记：待处理财产损溢
贷记：存货
接着，将相关费用计入管理费用：
借记：管理费用
贷记：待处理财产损溢
最后，确认并记录应交增值税（进项税额转出）的调整：
贷记：应交税费—应交增值税（进项税额转出）
相反，如果存货损失是由自然灾害引起的，则无需进行进项税额转出。在这种情况下，会计处理如下：
记录待处理财产损溢：
借记：待处理财产损溢
贷记：原材料
随后，将损失计入营业外支出：
借记：营业外支出
贷记：待处理财产损溢
通过这样的分类处理，可以确保财务报告中准确地反映了企业因不同原因导致的存货损失及其对税务的影响。