独立董事费的税务处理遵循特定的规定。根据中国证券监督管理委员会发布的《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》（证监发〔2001〕102号），独立董事是指在公司中不担任任何除董事之外的职务，并且与其所受聘的上市公司及其主要股东之间不存在可能妨碍其进行独立客观判断的关系的董事。个人因担任董事职务所获得的董事费收入，按照《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》（国税发〔1994〕089号）的规定，属于劳务报酬所得性质，因此需要按照劳务报酬所得来征收个人所得税。然而，根据《国家税务总局关于明确个人所得税若干政策执行问题的通知》（国税发〔2009〕121号），这一规定仅适用于个人担任公司董事、监事，且不在公司任职、受雇的情况。
非独立董事费则应与工资合并纳税。对于上市公司董事（长）同时担任企业直接管理职务，或者名义上不担任企业的直接管理职务，但实际上从事企业日常管理工作的情况，应判定其在该企业具有董事（长）和雇员的双重身份。根据国税发〔2009〕121号文件的规定，对个人在公司（包括关联公司）任职、受雇，同时兼任董事、监事的，在纳税申报中，应将董事费、监事费与个人工资收入合并，统一按工资、薪金所得项目缴纳个人所得税。