1. 内部控制意识不足
内部控制制度的有效运行，首先需要具备强烈的内控意识。然而，一些单位的领导层对内部控制的重要性认识不足，往往更重视发展而非控制，缺乏对内部控制知识的了解，甚至将其视为仅是财务部门的责任。
2. 内部控制制度不健全
财政部制定的《内部会计控制规范》主要针对企业，对行政事业单位的适用性较差。即使有些单位制定了内部控制制度，但执行力度不够，缺乏必要的监督，导致有章不循、违章不究，内部控制制度未能发挥应有的作用。
3. 信息与沟通不畅
行政事业单位会计集中核算后，由会计核算中心对行政事业单位集中办理会计核算和监督业务。由于会计主体单位与核算部门不一致，双方沟通衔接不够，极易形成账物分离的资产管理现状，造成核算中心管账不管物、核算单位管物不管账、账物不符的问题，影响单位内部控制制度的有效实施。
4. 管理人员素质不适应
管理人员竞争意识差，缺乏创新精神，业务素质难以满足实施内部控制和监督的要求。这直接影响了内部控制制度的执行效果，使得内部控制制度无法得到有效实施。
5. 外部监督不足
目前，作为行政事业单位主要外部监督力量的财政、审计部门，大多偏重于对单位财政资金的运用是否合法、合规进行监督，较少对被审计单位是否建立有效的内部控制制度以及有效执行加以实质性检查。缺少有效的外部监督，使行政事业单位内部控制制度体系完善失去外部推动力和约束机制。