国税函[2004]1199号《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》第三条指出，依据《征管法》规定的原则，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，扣缴义务人应扣未扣税款的情况下，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
此外，除了这个文件明确提到查补的扣缴税款不加收滞纳金外，征管法第六十九条也从侧面印证了这一观点。六十九条规定：扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，并对扣缴义务人处以应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
从六十九条的规定来看，对于未按规定扣缴税款的行为，法律责任仅限于追缴税款和处以罚款，并不涉及滞纳金。这意味着，在处理此类问题时，税务机关不能对纳税人或扣缴义务人额外收取滞纳金。